Máriakéménden született 1867. április 5-én. Édesapja Kerner János, kántortanítóként működött itt, és ő volt fia első zenetanára.
Kerner a budapesti Nemzeti Zenedében folytatta zenei tanulmányait. Józan gyakorlati megfontolásból itt a vonós tanszakot választotta: a fejlődésben lévő magyar zenének több hegedűsre, mint zongoristára volt szüksége. (Hegedülni és brácsázni tanult.)
1884/85- ben brácsásként került az Operaház kötelékébe. Két karmester vezénylete alatt dolgozott itt: Erkel Sándor és Gustav Mahler. Kerner Erkel Sándor követőjének tartotta és vallotta magát. 1892-ben korrepetítorrá, 1896-ban karmesterré lépett elő. 1894. május 8-án az ő vezénylete alatt került az Operaház közönsége elé sógorának, Poldini Edének Északi fény című balettje. 1896. február 22-én zeneszerzőként is láthatta a közönség, az Ércember című balettban. Tíz év zenekari gyakorlat után került a karmesteri pultra. Még volt két közös koncertje Erkel Sándorral, 1900. január 10-én és február 7-én, ezután az Operaház élén és a Filharmóniai Társaság vezetőjeként is Kerner István lett az utóda.
1900. november 7-én Kerner, Erkel születésének 90. évfordulójára egy művészi programot hirdető műsort választott.
* Beethoven: Eroica- szimfónia
* Erkel Ferenc: Ünnepi nyitány
* Liszt Ferenc: Esz- dúr zongoraverseny
* Goldmark: Schenzo
Kerner tovább vitte a Beethoven kultuszt, de Haydn, Mozart, Csajkovszkij, Sibelius is bőven helyet kapott a műsorokban.
Bár Kerner több Bartók bemutatót is levezényelt, rokonszenvét nem sikerült elnyernie a Filharmonikusoknak, ez majd csak később, Dohnányi idején következik be.
Kerner nagysága abban is megmutatkozik, hogy nemcsak a nagy neveket mutatta be és játszotta, hanem lehetőséget adott a fiatal mesterek, műveik bemutatására. Ezek közül a nevek közül, lettek ismertek és kevésbé ismertek, egy a lényeg, hogy esélyt kaptak.
Kerner István idejében megváltozott a filharmonikus koncertek műsorszerkezete. Korábban a szimfónia volt a műsorok kezdete, de Kerner idején ez a műsor végére került. Ha mégis szimfónia került a műsor élére, az leginkább egy újonnan felfedezett Haydn- vagy Mozart mű volt.
1907-től, többször is elhagyták a filharmonikusok Budapestet, utaztak Nyíregyházára, Keszthelyre, Bécsbe és Berlinbe is.
Kernernek más fontos szerep is jutott, megteremtette a műsorok tematikus egységét, és ekkor lesz beléptidíjas a főpróba. Az ő nevéhez fűződik a nemzeti est, az első szabadtéri hangversenye a Filharmonikusoknak, valamint 1913- tól állami támogatást is sikerült kivívni a Társaság részére.
Kiváló Csajkovszkij dirigátor volt.
...eldirigálta jó sokszor Csajkovszkij Patetikus szimfóniáját, melyet senki sem tudott úgy eldirigálni, mint ő
A háború fokozatosan a nagy egyházi karművek felé fordította figyelmét. (Verdi: Requiem, Beethoven: Missa solemnis)
1919- ben lemondott a filharmonikus elnökkarnagyi tisztéről, Dohnányi Ernőt javasolva utódjának. 1925. október 12-én lépett utoljára föl, a Zeneakadémia nagytermében.
1929. augusztus 27-én halt meg Budapesten.